標題摘要內容
RNA sequencing
circRNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 38742 次瀏覽 | 分享到:

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        circRNA是區別于傳統線性RNA的一類新型RNA,具有閉合環狀結構,大量存在于真核轉錄組中,數量多達十萬種。circRNA對核酸酶不敏感,比線性RNA更為穩定,這使得circRNA在作為新型臨床診斷標記物的開發應用上具有明顯優勢。目前篩選circRNA主要有兩種途徑,一是高通量測序,二是芯片檢測。區別于芯片預制好的只能檢測有限數量circRNA分子,高通量測序不僅通量大、信息準確,而且可以發現新的circRNA,是目前篩選circRNA最有效、性價比最高的方法。

技術路線

 

樣品要求

        樣品類型:細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。

        物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

測序方案

        測序模式 PE150

        測序數據量 10Gb 

生物信息分析內容

        1 原始數據質控檢查

        2 比對結果質控檢查

        3 基于circRNA表達的樣品主成分分析

        4 circRNA預測及鑒定

        5 circRNA差異分析

        6 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

        7 差異circRNA的靶向miRNA預測分析


高級分析

        1 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

案例展示

        1 人喉鱗狀細胞癌中circRNARNA-seq表達譜

        RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

        Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86
        
https://doi.org/10.1186/s12943-018-0833-x  IF6.204

        測序策略:circRNA測序(RNase R+

        樣本分組:10例,5例腫瘤組織(2例高分化,3例中分化),5例正常組織

        人喉鱗狀細胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮組織的惡性腫瘤,是頭頸部腫瘤中惡性程度非常強的腫瘤,世界范圍內每年發生率占比2.4%,近年內還有逐漸增加趨勢。本研究主要關注circRNALSCC疾病中的表達情況。研究者選擇10LSCC患者臨床組織標本(2例高分化、3例為中分化、 5例正常)進行RNA高通量測序,分析樣本中circRNA表達情況。共鑒定出21444circRNA,其中在LSCC樣本中顯著上調的circRNA 29個,顯著下調circRNA 19個,進一步結合臨床特征(高分化,中分化和正常)進行分類,將差異表達circRNA縮小到18個和5個(圖1)。CircRNA-miRNA-mRNA調控網絡預測分析,發現20個失調circRNA與多種腫瘤相關的miRNA相關,信號通路KEGG富集分析發現,過氧化物酶體PPAR、軸突導向、Wnt和細胞周期通路與LSCC密切相關(圖2)。隨后的qPCR驗證結果顯示(圖3),has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好區分LSCC標本和正常標本,表明circRNA可作為LSCC潛在的理想標志物。


 

1 LSCC樣本中circRNA差異表達譜


 

2 CircRNA及靶向miRNA網絡調控圖與KEGG代謝通路富集分析

 

3: hsa_circ:chr20:31876585–31,897,64810LSCC腫瘤樣本及正常樣本中的Q-PCR驗證



高通量測序附錄


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